米酒发酵原液经粗滤、精滤、膜超滤后，虽然除菌率达到99.99%，但是剩余的细菌以及在生产过程带入的细菌若不完全除去，细菌将以指数形式增长，短时间导致米酒的胀气变质，因此米酒的灭菌非常之关键。 

米酒由于组分复杂，酵母、乳酸菌等细菌以及有害微生物较多，因此需要采用超高温瞬时灭菌的方式在110℃-135℃高温瞬间杀死这些细菌，再进行灌装，同时米酒用瓶、用盖也需清洗后经相应杀菌设备处理，灌装旋盖好的酒瓶还需最终整体喷淋或巴氏灭菌，除这一系列灭菌方式外，整个灌装车间环境也有较高的要求。

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